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Sono trascorsi quindici anni da quando Selene e il suo compagno Michael hanno sconfitto l'Anziano Marcus, ma da allora il genere umano ha scoperto l'esistenza sia dei Vampiri che dei Lycan e ha scatenato una guerra senza quartiere per sterminarli. Selene, catturata, si risveglia dopo oltre dieci anni e si ritrova prigioniera in un laboratorio di Antigen, una potente compagnia biotech impegnata a sviluppare un vaccino contro i virus che hanno creato Vampiri e Lycan. Selene, distrutta dalla scoperta che Michael è morto, viene inoltre a sapere che, mentre era in stato criogenico, ha dato alla luce una bambina, Eve. Alla ricerca di un rifugio per sé e per la figlia, Selene scopre che il suo orgoglioso popolo è stato cacciato fin quasi all'estinzione e che i pochi sopravvissuti, nascosti nel sottosuolo, la respingono. Al fianco di Selene nella sua vendetta contro Antigen, c'è il vampiro David; ma i due sembrano impotenti di fronte a una nuova minaccia, un super Lycan geneticamente modificato.