Ha una storia tutta particolare il Tesoro di San Gennaro, la raccolta di opere dedicata al Santo Patrono, Vescovo di Benevento decapitato a Pozzuoli durante le persecuzioni dell’imperatore Diocleziano. Il nucleo di capolavori inizia dal busto d’oro e d’argento che custodisce le ossa del cranio, voluto da Carlo II d’Angiò, e dalla teca che conserva le ampolle del suo sangue, richiesta da Roberto d’Angiò. A questi due capolavori si sono aggiunte nei secoli altre opere incredibili come la mitra gemmata con 3694 pietre preziose realizzata dall'orafo Matteo Treglia nel 1713 e la leggendaria collana creata da Michele Dato nel 1679 e arricchitasi fino al 1879 di varie pietre preziose con le donazioni di regnanti di tutta Europa. Entrambe le opere furono fatte su commissione della Deputazione della Cappella del Tesoro di San Gennaro per il busto Reliquiario del Santo.

Proprio la nascita della Deputazione è una delle peculiarità del Tesoro: organizzazione laica voluta da un voto della Città di Napoli il 13 gennaio 1527, deputata prima alla sovrintendenza sulla costruzione della Cappella dedicata al Santo nel Duomo di Napoli, poi alla difesa della collezione da minacce esterne, è ancora oggi attiva e composta da dodici famiglie che rappresentano gli antichi “seggi” di Napoli. La Cappella del Tesoro nasce come “voto” al santo: tra il 1526 e il 1527, mentre Napoli fronteggiava problemi di varia natura (la guerra tra Spagna e Francia, la pestilenza e una violenta eruzione del Vesuvio) il popolo decise di fare un voto a San Gennaro. Se li avesse protetti, gli avrebbe eretto una nuova e più ampia Cappella all’interno del Duomo. Fu addirittura chiamato un notaio e fatto redigere un vero e proprio contratto con San Gennaro: la città la città a superare le difficoltà che la affliggevano e la Cappella fu costruita; oggi al suo interno figurano opere di Luca Giordano, Massimo Stanzione, Giacomo Farelli e Aniello Falcone. Fu inaugurata nel 1646, e da allora, assieme al Tesoro che custodisce, è sempre appartenuta alla città di Napoli.

Il Museo che oggi ospita il Tesoro di San Gennaro è accanto al Duomo e alla Cappella. Aperto nel dicembre 2003 grazie ad un progetto finanziato da aziende private, da fondi europei e dalle istituzioni locali e sotto l'alto Patronato del Presidente della Repubblica Ciampi, e su proposta della Deputazione della Reale Cappella del Tesoro, è diretto da Paolo Jorio. L'area museale è di oltre settecento metri quadrati ed espone le sue opere (in precedenza mai rese visibili al pubblico) nei locali sottostanti la Cappella del Tesoro, per una serie di collezioni d'arte comprendenti gioielli, statue, busti, tessuti pregiati e dipinti di grande valore.